جاءت فكرة إنشاء الجامعة متوافقة مع الاهتمام المتزايد من الدول الأعضاء في مجلس وزراء الداخلية العرب بتعزيز قضايا الدفاع الاجتماعي ضد الجريمة، خلال انعقاد المؤتمر الأول لقادة الشرطة والأمن العرب في مدينة العين عام 1972م، وتبلورت الرؤية كاملة بشأنها خلال انعقاد المؤتمر الثاني للمجلس في مدينة بغداد عام 1978م؛ وخلاله تم إصدار قرار الإنشاء تحت مسمى "المعهد العربي للتدريب" تكون مهمته إجراء الدراسات والبحوث الخاصة بالدفاع الاجتماعي ضد الجريمة وتقديم البرامج التدريبية، وفي عام 1979م تغير اسم المعهد إلى "المركز العربي لدراسات الدفاع الاجتماعي"، ثم إلى "المركز العربي للدراسات الأمنية والتدريب" خلال انعقاد المؤتمر الثالث للمجلس في مدينة الطائف عام 1980م..

بمبادرة ورعاية كريمة من قادة وحكومة المملكة العربية السعودية، شهد عام 1985م استضافة مقر الجامعة في مدينة الرياض، ومنذ ذلك الحين؛ وحتى العهد الزاهر لخادم الحرمين الشريفين الملك سلمان بن عبدالعزيز آل سعود، وصاحب السمو الملكي الأمير محمد بن سلمان بن عبدالعزيز آل سعود ولي العهد رئيس مجلس الوزراء -حفظهما الله-؛ تحظى الجامعة بدعم مادي ومعنوي كبير، وكذلك بمتابعة متواصلة واهتمام من صاحب السمو الملكي الأمير عبد العزيز بن سعود بن نايف بن عبد العزيز آل سعود وزير الداخلية، رئيس المجلس الأعلى للجامعة والرئيس الفخري لمجلس وزراء الداخلية العرب، ودعم أصحاب السمو والمعالي وزراء الداخلية العرب.

خلال انعقاد الدورة الرابعة عشرة لمجلس وزراء الداخلية العرب التي عُقدت في تونس عام 1997م؛ تمت الموافقة على تغيير اسم المركز ليصبح "أكاديمية نايف العربية للعلوم الأمنية؛ وذلك تقديرًا منه للجهود الكبيرة التي بذلها صاحب السمو الملكي الأمير نايف بن عبد العزيز آل سعود - رحمه الله - في بناء وتطوير مسيرة العمل الأمني العربي المشترك.

أصدر مجلس وزراء الداخلية العرب في دورته الحادية والعشرين التي انعقدت في تونس عام 2004م قرارًا بتغيير مُسمى "الأكاديمية" إلى "جامعة نايف العربية للعلوم الأمنية" بما يواكب التطور الكبير الذي شهدته الجامعة وصعود معاهدها إلى مستوى كليات..

شهد عام 2019م، إطلاق خطة الجامعة الإستراتيجية "2019 ــ 2023م" كبداية لمرحلة جديدة من التطوير وترسيخ دورها كمرجعية أولى في الدراسات والأبحاث الأمنية وما يتصل بها، وتستعد الجامعة أيضًا في عام 2023م لإطلاق خطتها الخمسية المستقبلية (2023 – 2028م) لمرحلة أكثر ريادية في شؤون الأمن العربي والسلامة. جاء ذلك امتدادًا لمسيرة الجامعة التي بدأت عام 1978م، وبروزها كصرحٍ رائدٍ يحمل رسالةً علميةً أمنيةً متخصصةً تستهدف رفع كفاءة العاملين في المجال الأمني والسلامة عربيًا، وتُلبي احتياجات المؤسسات والأجهزة الأمنية بوزارات الداخلية، وأجهزة العدالة الجنائية والرعاية الاجتماعية بالدول العربية بدراسات وأبحاث أمنية ومنهج علمي متميز، لتصبح، في غضون 4 عقود ضمن مصاف المؤسسات الجامعية العريقة، وتتفرد بارتباط وثيق بأمن المجتمع العربي بمفهومه الشامل.